বৃহস্পতিবার চট্টগ্রামের একটি হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা যান তিনি। দীর্ঘদিন ধরে হৃদরোগ, কিডনি ও ডায়াবেটিসসহ বার্ধক্যজনিত নানা রোগে ভুগছিলেন বাবুনগরী।

আজ সকালে হঠাৎ করে অসুস্থ বোধ করলে তাকে ফায়ার সার্ভিসের অ্যাম্বুলেন্সে করে চট্টগ্রামে চিকিৎসার জন্য নেয়া হয়।

গতকাল তার চোখে একটা অপারেশন করা হয়। এরপর তিনি সুস্থ ছিলেন। আজ সকালেও তিনি স্বাভাবিক ছিলেন। বৃহস্পতিবার বেলা ১১টার দিকে হঠাৎ তার শারীরিক অবস্থার অবনতি হয়। পরে তড়িঘড়ি করে অ্যাম্বুলেন্স ডেকে তাকে নিয়ে হাসপাতালের দিকে নেয়া হলে কর্তব্যরত চিকিৎসকরা তাকে মৃত ঘোষণা করে।

তার দাফন এবং জানাজা কোথায় হবে তা এখনও নিশ্চিত না হলেও তার মরদেহ হাটহাজারি মাদ্রাসায় নেয়া হবে।

গত বছরের ১৭ সেপ্টেম্বরে হেফাজতে ইসলামের আমির আহমদ শফী মারা যাওয়ার পর ১৫ নভেম্বর সংগঠনটির নতুন আমির হিসেবে জুনায়েদ বাবুনগরীর নাম ঘোষণা করা হয়।